分子システム科学センター（CMS）は、工学研究院応用化学部門を中心に推進された文部科学省グローバルCOE拠点“未来分子システム科学”（2007-2011年度）における分子システム科学研究を持続的に発展させ、同学術分野における国際的最先端研究中枢を構築することを目的として2010年に設置された。
次世代の「分子・物質・材料」の化学における基盤をなす学術分野「分子システム科学」の創成をはかるべく、同分野における世界最高水準の卓越した独創的・先端的な学術研究活動を促進し、以て九州大学の次世代を担う国際的に卓越した教育研究拠点を形成することを目的としている。
CMSは、2012年度大学改革活性化制度採択による拡充改組（准教授2名、助教3名）、第Ⅱ期（2012-2013）、第Ⅲ期（2013-2017先導的学術研究拠点）、第Ⅳ期（2018-2019）を経て、2020年度大学改革活性化制度採択により組織改編を行い、情報科学部門を設置（准教授1名）して現在、第Ⅴ期CMSとして活動している。
次世代の「分子・物質・材料」の化学における基盤をなす学術分野「分子システム科学」の創成をはかるべく、同分野における世界最高水準の卓越した独創的・先端的な学術研究活動を促進し、以て九州大学の次世代を担う国際的に卓越した教育研究拠点を形成することを目的としている。
CMSは、2012年度大学改革活性化制度採択による拡充改組（准教授2名、助教3名）、第Ⅱ期（2012-2013）、第Ⅲ期（2013-2017先導的学術研究拠点）、第Ⅳ期（2018-2019）を経て、2020年度大学改革活性化制度採択により組織改編を行い、情報科学部門を設置（准教授1名）して現在、第Ⅴ期CMSとして活動している。
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