自分の研究分野と異なる研究課題について問題提起を行い、それを解決するための研究立案ならびに予想される結果の考察を冊子にまとめる。口頭試問会で発表し、教員による試問と評価を受ける。さらに指導教員外（他専攻等）の教員がスーパービジョン担当となり、マンツーマン方式によるディスカッションを行う（複数教員指導制）。このことにより、各学生の力量に応じたテーラーメイドの基礎教育を行うとともに、論理的思考力、創造的な発想力や俯瞰的な視野を涵養し、プロポーザルを完成させる。

博士後期課程学生が分子システム化学の開拓につながる研究テーマを立案し、指導教員に申請する。指導教員は、申請内容により研究費を当該留学生に配分し、留学生独自のアイデアで研究を推進する。得られた成果を報告会にて発表し、審査ならびにアドバイスを受ける。

海外から招聘した海外の一流の研究者による集中講義を行う。

企業において一定期間(30時間以上)、研究を行い、さらに、マネージメント教育ならびに特許ライティングなどの指導を受ける。

英語によるコミュニケーション能力、プレゼンテーション能力、ディベート・ディスカッション能力・論文執筆能力の飛躍的向上を図り、国際舞台で真に自己表現できる若手人材を育成する。少人数クラスでのレギュラーレッスンに加えて、集中講座や特別セミナーを実施する。

九州大学アジア人財資金構想「エネルギー・環境技術人財育成パートナーシッププログラム」における日本語教育を活用し、留学生の日本語能力の向上と日本語によるコミュニケーション能力を育成する。

世界トップクラスの分子ナノテクノロジー研究拠点である米国California Nano-System Institute(CNSI/UCLA)、韓国Yonsei大学のBK21化学拠点（Institute for NanoBio Molecular Assemblies）をはじめとする海外の優れた大学との合同シンポジウムや学生・若手研究者の派遣・交換を行ってグローバルな教育研究を推進し、世界で活躍できる人材を育成する。

最先端の生命科学に関する集中講座である「先端生命科学特論」や、世界最先端の分析および解析 機器を実際に利用して分子システム化学に関する講義と実習を行う「生体分子解析学演習」を実施する。さらに、総合的な選択科目として、「科学技術論」「エネルギー科学」「環境科学」を実施する。

本プログラムの主要な目的の一つである博士号学位取得を目指した研究においては、留学生が希望する専門分野の研究室に所属し、規定年限である３年以内での学位取得をめざした研究プロジェクトに取り組む。研究テーマの選定に当たっては、留学生が本プログラムへの応募申請を提出した段階から指導予定教員が研究内容についての討議をＥメールを介して行い、プログラム開始時には速やかに研究テーマに取り組めるように指導する。

分子システム化学におけるデータサイエンスの活用についての集中講義やセミナーを実施する。